在东京郊外一所封闭式女子高中，六名成绩垫底、性格各异的女生被选入一个名为“最后一课”的秘密计划。负责授课的神秘导师只通过电子邮件布置任务，从不定时、不定点，可能是深夜的天台、废弃的游泳馆、无人的图书馆。每个任务都是一次“实战”——分析校园欺凌的根源、调查教职员的灰色收入、策划一场全校性的公益活动。在这个过程中，她们发现这所学校藏着一位曾经的传奇校友留下的巨额教育基金，而获得它的方式不是考试分数，而是证明“女孩也可以改变规则”。六个人从相互猜忌到生死同盟，在毕业典礼那天，她们用一场精心策划的“反向毕业礼”震惊了整个教育界。
毕业典礼上，六个人分别上台致辞，讲的却全是这所学校没教过她们的东西——如何反抗、如何合作、如何在不公平的规则里为自己争一席之地。最后她们公开了所有调查资料，基金被重新分配给了真正需要的女生。
导师发来最后一封邮件：“你们已经不需要我了。”附件里是一张六人第一次被选入计划时的照片，照片背面写着“你们就是改变”。她们把这张照片复印了六百份，塞进了每个毕业生的纪念册里。
一个任务需要她们在深夜偷出教务室的档案。行动中五人掩护、一人翻窗，档案到手时却发现里面是她们自己的入学记录——全部被标注了“无培养潜力”。她们决定把这些贴满公告栏。
导师的任务是“在十分钟内让泳池的水位上升一厘米”。她们用身体排水的笨办法完成了，但真正的目的是让她们注意到泳池底的瓷砖排列成了一个坐标——指向了旧校舍的地下室入口。
在图书馆执行任务时，她们发现一本无人借阅的旧书里夹着一封手写信，落款是二十年前一个同样被选入计划的前辈。信上说“你们会怀疑、会愤怒、会想要放弃——但请坚持下去”。
开学第一天，六个女生同时收到一封匿名邮件，标题只有两个字：“醒来。”邮件里没有署名，只有一个链接，点开是一个倒计时——距离毕业还有365天。